300 anos depois da Guerra da Calamidade, os poderes que governavam a Esfera da Terra foram derrotados, abrindo caminho para novos governantes de um novo mundo, exaurido da batalha. Enquanto isso, lá longe em Marte, as faíscas que ameaçavam iniciar outra guerra foram atingidas… Mikazuki Augus, membro da segurança particular de Chryse, aceita a missão de proteger Kudelia Aina Bernstein, uma garota que comanda a independência de Chryse da Terra. No entanto, quando a unidade de elite Gjallarhorn atacou para controlar os revolucionários, Chryse usa deliberadamente Mikazuki e os outros garotos como isca para cobrir sua retirada. Orga Itsuka, líder dos garotos, toma esse abandono dos adultos como motivação para lançar um ataque de força total em um golpe de estado.
Com ordens de Orga para conter os Gjallarhorn, Mikazuki parte para o ataque na antiga máquina da era da Calamidade que tem sido usada como gerador, o Gundam Barbatos…
